En un principio fue nombrado San Francisco Javier.

El edificio sufrió una serie de daños importantes en los terremotos de principios del siglo XVII, por lo que tuvo que ser restaurado. Sin embargo, para 1711 se vivió otro terremoto que derrumbó las bóvedas y el colegio.

Más tarde en 1767 la orden de los jesuitas fue expulsada de la Nueva España y el conjunto conventual fue cedido a la congregación de monjas Concepcionistas y por lo tanto el templo quedó bajo la advocación de la Inmaculada Concepción.

Debido a la aplicación de las leyes de Reforma el edificio fue abandonado y el convento y el colegio se fraccionaron y fueron vendidos a particulares, por lo que muchos de los espacios están ahora ocupados por comercios y bodegas.

La construcción utiliza elementos clásicos de estilo plateresco. La fachada cuenta con dos cuerpos con un acceso flanqueada por dos pares de columnas, destacándose un nicho con la escultura de San Ignacio de Loyola.

El interior del templo tiene la forma de una cruz latina con tres pequeñas capillas. El retablo principal es de madera y conserva parte de sus antiguas formas y su cubierta de oro. Los demás retablos son más recientes.