La misión se ubica en el valle de San Miguel. 

A este sitio se le conoció como San Juan Bautista y en el recorrido hacia la Alta California, el padre Juan Crespi en 1769 lo reconoció como un lugar ideal para establecer una misión que se fundó el 12 de marzo de 1787 por el Dominico Luis de Sales. 

El año siguiente cambió su asentamiento original siete kilómetros arriba. 

En 1834 fue abandonada debido a la falta de personal. Fue la cuarta misión situada sobre el Camino Real. 

Actualmente, permanecen muros de adobe aislados de la Misión Dominica.