En el Parque Zoológico de Mérida Animaya los animales habitan en casi total libertad, ya que si bien, no están en su hábitat natural, Animaya les brinda lo más parecido a ello en sus amplios espacios.

Se pueden realizar diversas actividades como la observación de flora y fauna y la observación de aves entre otras.

Cuenta varias secciones: la Estela Maya, que es el símbolo principal del zoológico. Safari, con un área de 30,832 m2, es el área de exhibición donde habitan animales provenientes de América, Euro-Asia y África. El Herpetario, ubicado en una rústica cas maya tiene varios ejemplares como pitón birmana, pitón real, boas, raneras, areneras, falsa coral y especies venenosas como la cascabel tropical, cantil o huolpoch, entre otras.

También cuenta con el área de felinos, donde se pueden admirar leones, tigres, pumas, leopardos y jaguares. Un aviario, con 2,100 m2 con aves de todo tipo, especialmente de la región; y un nocturnario, un área de exhibición para ejemplares de hábitat nocturno, como mapaches, hurones, búhos, murciélagos frugívoros, entre otros.

Se puede navegar en un catamarán a través del lago y recorrer las islas en donde habitan monos, o bien hacer el recorrido al estilo safari a través de todo el parque.

Además se cuenta con un parque acuático con áreas de juegos como: El túnel, la red acuática, la esfera desbordante, los aros y los domos con chorro sincronizado.

También se puede disfrutar de los recorridos en bicicleta y visitar el jardín botánico con mas de 950 especies de plantas.