Monumental obra que erigió el Bachiller Juan Antonio Pérez Espinosa en 1712. 

El templo tiene una peculiar leyenda que cuenta en 1910, al inicio del movimiento de la Revolución, los sacerdotes de la iglesia pensaron en como proteger las valiosas piezas que resguardaban, por lo que adquiriron un toro d aproximadamente un año de edad, lo disecaron y en su interior guardaron todo su tesoro. Aunque no hay ninguna evidencia de que esto se cierto, se dice que en las misas se arrodillan frente a un becerro de oro, un símbolo de paganismo.

El templo tiene un estilo en donde predomina la influencia indígena. Incluso cuando en 1712 el templo fue remodelado se conservó la fachada con sus apliques en cantera rosa, incluyendo la concha que la remata. Las puertas de madera tallada de la entrada son las originales. 

La fachada es de cantera rosa, de estilo barroco con exuberante decoración fitomorfa. 

En su interior se aprecia un estilo neoclásico.  En los muros hay una pintura de la Virgen de Guadalupe firmada por Miguel Cabrera, importante artista del siglo XVIII, así como obras con escenas alusivas a la vida de San Felipe Neri.

Su órgano es de estilo barroco y sus teclas blancas estan cubiertas con placas de marfil y esta en perfecto estado de conservación.

Una peculiaridad del templo es que la estatua de San Martín de Porres esta rodeada de diversas ofrendas como cintas y rosarios por los favores conseguidos por este santo, muy venerado en San Miguel.