El sitio que ocupa la misión de Nuestra Señora del Rosario de Viñadaco, fue explorado inicialmente por los franciscanos hacia 1771.

Dos años después fue inspeccionado por los dominicos, correspondiéndole a fray Vicente Mora, Presidente de la orden, descubrir el lugar y sus alrededores. Dicho sitio resultó adecuado para establecer la misión ya que existía abundancia de agua y vegetación exuberante.

En junio de 1774 esta misión se organizó, siendo los frailes Vicente Balda y Juan Salgado los encargados de ella. En 1802 la misión fue cambiada al lado opuesto del valle.

En ambos sitios se encuentran ruinas de esta misión, específicamente ruinas de adobe. Actualmente, permanecen muros de adobe deteriorado y restos de cimientos de la Misión Dominica donde se ubica el Museo en El Rosario de Abajo.