El edificio que alberga al museo es una ecléctica composición de acero y vidrio en estilo Jugendstl alemán.

De hecho fue hecho en Alemania y llegó a México para ser armado entre 1903 y 1905.

Sus torres inconfundibles son hoy el emblema de este recinto que también cuenta con inmensos vitrales que dotan de luz natural a sus tres naves. Es por ello que durante décadas, fuera popularmente conocido como Palacio de Cristal.

En sus orígenes estaba destinado a la presentación de exposiciones industriales durante las fiestas del Centenario de la Independencia de México (1910) y fue sede de la exposición industrial japonesa, por lo que también fue conocido como Pabellón Japonés.

A partir de 1913 y hasta 1964 albergó al Museo Nacional de Historia Natural, espacio donde se tenía una fabulosa colección de animales disecados, fósiles y muestras de plantas medicinales.

Actualmente, es sede de un gran número de actividades relacionadas principalmente con la cultura urbana.