Ubicado en un edificio que fue que fue el segundo seminario de San José, construido entre 1701 y 1758.

La casona colonial es por si sola un atractivo con su fachada barroca y un nicho con decorado de relieves en forma de vegetales. Durante la guerra de Independencia se utilizó como cuartel militar.

El museo muestra diversas piezas arqueológicas además de obras de arte de diversos autores entre las que destacan las pinturas de Villalpando y José Ibarra. Una de las salas guarda un mural de José Guadalupe Zuno dedicado a recordar la conquista de la nueva Galicia por Nuño de Guzmán. También puede admirarse la Capilla que funcionó en este antiguo edificio.

En la sala de paleontología se encuentra el esqueleto completo de un mamut y la reproducción de una tumba de tiro característica del Occidente de México, mientras que en la sala de etnografía se encuentran utensilios y fotografía de las costumbres y tradiciones de pueblos autóctonos.