El museo se encuentra ubicado en el Ex-colegio de San Luis Gonzaga.

Este es un bello edificio con una sobria fachada labrada en cantera.

Éste es un colegio fundado por los jesuitas en el siglo XVII. A mediados del siglo XVIII fue remodelado y en 1776 con la salida de los jesuitas, fue otorgado a los dominicos.

Durante la Guerra de la Reforma en 1859 el edificio fue abandonado y en el siglo XIX fue usado como hospital, cuartel y cárcel hasta 1962.

En la década de los setentas fue rescatado y restaurado y se decidió destinarlo a actividades culturales, hasta que en 1983 Pedro Coronel decide donar su colección artística para ser exhibida en el bello inmueble.

La exposición se presenta bajo un extraordinario guión museográfico, a la altura de los mejores museos de Europa y Estados Unidos y es considerado como uno de los más ricos de América Latina. Para la mejor apreciación de las salas, éstas están dispuestas en un orden geográfico, cultural y cronológico.

Contiguo al acceso de registro hay un suntuoso recinto de dos salas que contienen a la Biblioteca de Colecciones Especiales “Elías Amador”, con grandes y altos libreros de madera tallada que resguarda libros teológicos, canónicos e históricos que fueron recopilados en por los franciscanos, jesuitas, dominicos, agustinos y mercedarios. El acervo de aproximadamente 20 mil volúmenes, se compone por libros del siglo XVI al XIX.

La planta alta está dividida en ocho grandes salas. En el recorrido se puede admirar la obra de Pedro Coronel y su extensa colección junto con diversas piezas de arte de Egipto, Grecia, Roma, África, Nepal, Tailandia, China, Japón, Oceanía y la India.

La primera sala está dedicada a la numismática de Zacatecas, con una colección de monedas que han sido utilizadas en la entidad. En la siguiente sala hay objetos de la cultura Griega y Romana, así como un gran sarcófago egipcio. En la sala de colección africana predominan las máscaras. En la exhibición de la sala de arte colonial, se destacan: tres cristos de manufactura zacatecana, del siglo XVIII y una custodia de plata del siglo XVII.

En la sala del arte prehispánico se exhibe una vasta colección de piezas de culturas precolombinas como: máscaras, figurillas de barro, granito piedra y estuco.

En la sala Piranesi se presenta la obra desctacada del arquitecto y grabador italiano Juan Bautista Piranesi (1720-1778).

Sin embargo, lo que hace que este museo sea uno de los más importantes, es la colección de obras de renombrados artistas de la plástica como: Georges Rouault, Vasili Kandinsky, Pierre Bonnard, Aristide Maillol, Bourdelle, Pablo Picasso, Antonio Tápies, Serge Poliakoff, Joan Miró, Henry Moore, Kees van Dongen, Fernand Léger, Chagal, Hogart, Braque y Salvador Dalí, entre otros.

También es importante el medio centenar de grabados de Francisco de Goya y Lucientes.

Hay un bello jardín donde se encuentra la tumba que guarda los restos de Pedro Coronel.

Dentro del museo se ubica la Biblioteca de Colecciones Especiales Elías Amador en donde se resguardan colecciones bibliográficas y de documentos que se remontan al siglo XIX.