El diseño del edificio se realizó de tal forma que pudiera integrarse al paisaje y no modificara el concepto del sitio.

El museo tiene una muestra que lleva por la historia prehispánica del estado hablando de las tres culturas más importantes que habitaron Zacatecas.

Cuenta con la Sala Audiovisual Pedro Armillas en donde se proyecta un documental que muestra una visión general de la arqueología de Zacatecas y las principales investigaciones arqueológicas que se han realizado.

A lo largo de la exhibición se pueden encontrar: una maqueta a escala de la zona arqueológica La Quemada, vitro murales que muestran los diferentes tipos de ecosistemas, flora y fauna representativos de la región, así como diversas piezas pertenecientes a los grupos culturales Loma San Gabriel, Chalchihuites y Valle de Malpaso como puntas de proyectil, cerámica monocroma, objetos de concha y las ofrendas elaboradas con turquesa.

El museo ofrece visitas guiadas tanto al museo como a la zona arqueológica, talleres, tienda y espacios para usos múltiples.