La momificación en Guanajuato, es un fenómeno espontáneo o natural, efectuado debido al terreno calizo o arcilloso junto con un clima semi-cálido.

La primera momia exhumada, fue la del médico francés Don Remigio Keroy inhumado el 9 de junio de 1865.

Actualmente, el Museo de las Momias tiene un total de 119 momias y cuatro cabezas, destacando las que se localizan en las segunda y tercera salas, ya que ahí se encuentran las momias de los infantes y las cuatro cabezas.

En el museo también hay una sala de proyección con un video de introducción, la recreación de sus orígenes, las historias de las muertes de algunas de las momias en exhibición y los vestidos que han sido rescatados, entre otras cosas.