Consta de 8 salas con exhibición permanente de piezas arqueológicas e históricas de la entidad.

Hay salas que hablan de la época prehispánica y otras dedicadas a la Colonia, el México independiente y la Revolución.

En la sala de culturas prehispánicas se destacan: el Huéhuetl de Malinalco y el Ehécatl de Calixtlahuaca.

Tiene una sala de exposiciones temporales, un auditorio, una ágora o auditorio al aire libre y un espacio para la pieza del mes.