A partir de 1610 estuvo a cargo de monjas concepcionistas y entonces se nombró Templo de la Encarnación. 

Desde 1930 se le conoce como El Carmen, sin embargo en el siglo XVI era conocida como San Sebastián. 

La edificación original era de una nave cortada por un crucero y tenía una Capilla del Carmen, que fue la que posteriormente le dio su nombre.

En 1993 un gran incendio destruyó todo el interior de la iglesia, incluyendo sus retablos, esculturas, pinturas y otras piezas valiosas de bronce, oro y plata. Por lo que lo único que resta del antiguo conjunto conventual es el templo de doble portada, la torre y la plazoleta del Carmen.

Como parte del Convento de la Encarnación se edificó un gran arco que antiguamente era la puerta de entrada a la ciudad. Es una construcción única en todo el país, con una planta cuadrada y aplicaciones de argamasa. La bóveda octogonal de madera con una estrella de ocho puntas nos señala un claro estilo mudéjar chiapaneco.

En 1677 se construyó un campanario por encima del gran arco a solicitud de José Antonio de Torres, administrador del Convento. 

Actualmente el arco se ha convertido en un símbolo de la ciudad y el antiguo templo aloja al Centro Cultural de El Carmen.