Esta iglesia tenía como objetivo ser un lugar intermedio entre la Ciudad de México y las misiones establecidas en la región que hoy corresponde a Guatemala. Fue construido a principios del siglo XVII.

Debido a varios temblores este primer templo fue derribado y en 1646 se comenzó la construcción de un nuevo templo el cual fue terminado en 1690 y dedicado a la Virgen de la Merced. Adicionalmente, como parte de las mejoras el convento se amplió con el objetivo de crear uno de los primeros colegios en la región.

Debido a las leyes de Reforma el convento tuvo que ser abandonado pero el templo continuó en servicio. En 1898 el obispo Gillow adquirió el inmueble y comenzó su renovación.

El templo es de una sola nave y sus elementos decorativos datan de diversas épocas, ya que ha sufrido daños por diversos terremotos.