Se localiza en el Fuerte de San Miguel en que lo antiguamente fueron las habitaciones de los soldados, los almacenes, la cocina y el polvorín. 

Está considerado como uno de los mejores fuertes de la época colonial y data del siglo XVIII.

Es el más grande e imponente de todas las fortificaciones de la Ciudad. Fue construido por el Coronel de Ingenieros Don Juan José de León y Zamorano, que fue teniente del Rey de la villa y puerto de San Francisco de Campeche. 

Esta es una construcción del siglo XVIII con planta pentagonal que todavía conserva algunos cañones antiguos.  

El museo exhibe una interesante muestra de la historia prehispánica y colonial del Estado. 

Entre las piezas más importantes se encuentran: piezas de cerámica que muestran el nivel artístico de los pobladores prehispánicos y la estupenda colección de máscaras de jade encontradas en Calakmul, así como notables esculturas mayas de piedra. 

En las salas de objetos coloniales, se muestran muebles y escenas de la vida cotidiana de entonces con objetos de uso doméstico. Adicionalmente, el museo cuenta con una colección de barcos y armas.