El Ex Convento fue construido por los agustinos en un estilo sobrio y es uno de los pocos ejemplos de arquitectura claustral del siglo XVI. 

Los muros fueron construidos con roca volcánica y en sus espacios se pueden apreciar frescos de los siglos XVI y XVII en donde se representan escenas de la vida de Cristo, así como algunos frailes y santos. 

Todavía se conserva una puerta de madera del siglo XVI que esta conformada por tableros con relieves tallados en donde se puede ver la pasión y muerte de Cristo.

El museo exhibe las piezas prehispánicas encontradas en las excavaciones arqueológicas del Parque Histórico y Molino de Papel, tales como la diosa de las mazorcas de maíz, Chicomecóatl tallada en roca volcánica y la representación de Tláloc, Dios del agua. 

También cuenta con una exposición fotográfica que muestra la restauración del edificio, y una sala que recrea una celda, en donde se puede entender mejor la forma en que vivían los frailes agustinos.

Al frente de la fachada principal, se ubica el Parque Histórico conformado con los vestigios del estanque y el embarcadero colonial. A unos metros están parte de lo que fuera el Molino de Papel, considerado el primero en su tipo en la Nueva España.

A unos metros del claustro se conservan vestigios del primer Molino de papel de Latinoamérica.