En ese año un arriero que viajaba de Veracruz a Guatemala, notó que en su recua había una mula de más. Al pasar frente la ermita de San Sebastián, la mula cayó al suelo por el peso de la carga. Al intentar pararla se retiró la carga y aún así se levantó y murió al momento. Cuando la carga fue revisada se encontró la imagen de la Virgen, acompañada de un Cristo y un letrero que decía “La Virgen al Pie de la Cruz”. Ante estos hechos, el obispo de aquel entonces, Bartolomé Bohorquez, mandó a construir un santuario honrando a la Virgen.

La construcción se inició en 1682 y el encargado fue el capellán don Fernando Méndez. El edificio fue terminado en 1689 y en 1697 se terminó el convento y se consagró el templo a la Virgen de la Soledad que es la Patrona del pueblo de Oaxaca.

Tiene una magnífica fachada de cantera amarilla en forma de biombo con un claro estilo barroco. Es considerada una de las más bonitas de Oaxaca y está ricamente adornada con varios nichos con estatuas de San Nicolás Bari, San Marcial, San Sebastián, San Juan Apóstol, San Joaquín, San Agustín, San Pedro, San Pablo, Santa Rosa de Lima, Santa Catalina de Alejandría, San Nicolás Tolentino, Santa Ana, Santa Lucía, Arcángel San Gabriel, San Esteban y en el centro la Virgen de la Soledad.

El patio atrial cuenta con dos accesos, uno al sur y el otro al este. Este último comunica con la Plaza de la Danza y el Jardín Sócrates, famoso por sus ricas nieves.

En su interior,  se destaca la estatua de la Virgen de la Soledad, un bello órgano y las pinturas del siglo XVIII a los costados del presbiterio. En el altar principal se aprecia la imagen de la Virgen de la Soledad.

En la parte de atrás de la Basílica se ubica el Museo Religioso en donde se narra la historia de la fundación del templo y se exhiben algunas piezas religiosas, aunque es pequeño vale la pena visitarlo.

El Ex Convento actualmente funciona como oficinas del municipio de Oaxaca.