El museo se localiza en las viejas habitaciones del antiguo Baluarte de la Soledad que data de 1692, lo que lo convierte en uno de los más antiguos de la Nueva España. 

Fue el tercer baluarte del sistema defensivo de la ciudad, así como uno de los más importantes por su cercanía con la Puerta de Mar. 

En uno de sus costados aún preserva una parte de la muralla, el paso de ronda, almenas y garitones. 

El museo cuenta con una colección de piezas y objetos rescatados de diversos sitios arqueológicos a lo largo del Estado de Campeche, como Xcocha, Acanmul, Cayal, Edzná, Xcalumkin, Xuloc, entre otros. 

Entre las piezas más interesantes se encuentran ejemplos de la escultura Maya dinteles de Knakí y Dzibilnocac, y columnas de Xcalumkín, Cansacbé y Santa Rosa Xtampac. 

A un lado del patio hay una rampa que lleve hasta la parte superior del edificio y desde aquí se tiene una vista espectacular de la ciudad y el mar.