Se cerró en 1748 y en 1751 sirvió de cuna al Seminario Conciliar de San Ildefonso. En 1767, se produjo la desaparición de la universidad, al decreto expulsión de los jesuitas, promulgado por Carlos III.

Durante el imperio de Maximiliano, el edificio fue sede del comisariato imperial.

A principios de este siglo Felipe Carrillo Puerto fundó la Universidad y el edificio fue remodelado.