En 1644 se construyó una ermita de mampostería que poco se fue ampliando hasta que en 1650 se terminó un templo dedicado a la Virgen de Guadalupe.

El templo y hospital de Nuestra Señora de Guadalupe fueron bendecidos en 1650 y unos años después una imagen de la Virgen de Guadalupe, donada por el obispo Cuevas, sobrevivió milagrosamente a un incendio.

El convento fue bendecido en 1707 y la capilla de Nuestra Señora de Belén en 1807.

El hospital fue clausurado en 1820 y después de todos los movimientos de las Leyes de Reforma en 1864 se instaló el hospital civil.

En 1884 se realizó una reconstrucción del conjunto debido a los daños ocasionados por un terremoto y ésta es la apariencia que ha conservado hasta nuestros días.

A finales del siglo XIX el Ex Convento alojó al colegio de seminarios, con modernos apartados de física y química. Es de destacar que fue aquí donde se tuvo uno de los primeros aparatos de rayos X y se hizo la primera llamada radiotelegráfica de América Latina.

En 1916 el seminario fue ocupado por un hospital militar, después una escuela y más tarde un cuartel. Actualmente en la parte oriente se ubican las oficinas del Instituto Nacional de Antropología e Historia.

El templo consta de una sola nave sin crucero cubierta de cañón corrido. En su interior se destaca su decorado estilo neogótico. 

El claustro mayor actualmente lo ocupa la escuela. 9ª. de Pino Suárez.