La Orden Mercedaria se fundó en Guadalajara en 1629 y el templo actual se inició en 1650 y se terminó en 1721. 

El Atrio se reformó en 1896 y está cerrado por una barda y pilastras de cantera que rematan en jarrones y sostienen las rejas de hierro, en él se ubicó una escultura de mármol blanco de la Inmaculada Concepción. 

En su interior, se pueden apreciar enormes cuadros que adornan sus muros, ilustrando pasajes de las apariciones y milagros de la Virgen de la Merced. 

El retablo mayor es una hermosa talla en madera de ciprés y alberga en el centro las esculturas de la Virgen y el Niño. 

La Sacristía conserva ejemplares de pintura de los siglos XVII y XVIII del artista Diego Cuentas.