Se localiza en una estrecha y larga franja costera que incluye porciones terrestres y marinas. Es una de las áreas más grandes de manglares del Golfo de México y tiene una enorme diversidad de flora y fauna, alberga a 473 especies de plantas, 22 de ellas endémicas. 

La Reserva es una vasta zona de humedales bien conservados, es un espacio de anidación y reproducción de especies como el flamenco rosa y la tortuga carey, así como un área de descanso de diversas aves migratorias.

Los Petenes son islotes con vegetación de selva mediana que se desarrollan entre el manglar.

Dentro de la reserva se encuentra el Bosque Petrificado que se compone de árboles secos con caprichosas formas que dan resultado un paisaje misterioso de extraña belleza natural.

En la parte norte de la Reserva se ubica una importante zona arqueológica, Isla de Jaina. Sin embargo, solamente se puede visitar con un permiso del Instituto Nacional de Arqueología e Historia.

Por supuesto, esta zona ofrece varias actividades como paseos en lancha o kayak, pesca y además se puede acampar.

La reserva abarca los municipios de Calkiní, Hecelchakán, Tenabo y Campeche.