Los orígenes de este templo se remontan al año 1541.

Fue en ese año cuando el Virrey Antonio de Mendoza trajo a una gran cantidad de indígenas mexicanos como aliados para atacar a los sublevados cascanes. Al terminar la guerra los mexicas decidieron quedarse a vivir cerca de Guadalajara, donde les fueron otorgados los terrenos para fundar el pueblo de Mexicaltzingo, que significa “en las casitas de los mexicanos”. Éste es actualmente uno de los barrios tradicionales de Guadalajara.

La capilla está dedicada a San Juan Bautista como señala la placa colocada al frente del actual templo. 

La edificación que se aprecia en la actualidad, se concluyó hacia 1808 y su estilo es de transición entre barroco y neoclásico. Esta iglesia es famosa por venerarse una imagen de Jesús Crucificado, a quien se le conoce con el nombre de “Señor de la Penitenciaria” al cual se le atribuyen muchos milagros. 

La portada es de dos niveles, en el primero está el acceso con un arco de medio punto con decoración barroca, el cual está flanqueado por pares de columnas de capitel corintio. El segundo nivel tiene ventana coral rectangular y a los lados se pueden apreciar floreros en cantera.