Este arzobispado es el más antiguo núcleo jerárquico del país. 

Fue erigido como obispado el 2 de septiembre de 1530 y a finales del siglo XVI su jurisdicción llegaba a Manila, Filipinas.

Fue en este Palacio arzobispal en donde Fray Juan de Zumárraga, primer arzobispo de México, se entrevisto con Juan Diego cuando, según la tradición católica, en el ayate de éste se apareció la imagen de la Virgen de Guadalupe.

Dos siglos más tarde, en pleno auge del barroco, el edificio fue reconstruido a iniciativa del arzobispo Juan Antonio Vizarrón y Eguiarreta, quien gobernó la diócesis hasta 1749 y a quién debe atribuirse el aspecto que actualmente ofrece el edificio.

El interior conserva dos patios que han sufrido diversas modificaciones, de hecho fue severamente dañado por los terremotos de 1985 y en su restauración se encontró una antigua plataforma del Templo de Tezcatlipoca, así como varios objetos de la cultura mexica. Después de esta restauración se destinó a albergar parte de la colección de arte de la Secretaría de Hacienda. 

Por lo tanto, en la actualidad el edificio alberga una importante exhibición, eventos culturales y presentaciones editoriales.