El museo alberga distintas colecciones milenarias.

Entre ellas se destaca la del Mar de Thetis, que muestra fósiles de ostras, amonitas y restos de dinosaurios.

Cuenta con una sala de mineralogía donde se exhiben piedras preciosas, meteoros encontrados en la Zona del Silencio y flora del desierto.

En el museo también se muestra una colección de utensilios prehispánicos, así como algunos artefactos usados en las haciendas durante la segunda mitad del siglo XIX.

Para los amantes de la exploración de los cielos, el museo cuenta con un telescopio con un domo que permite una mejor visión del cielo.