Se aloja en un antiguo edificio construido en 1907 enclavado a las faldas del Cerro de las Campanas.

Esta construcción sirvió como Penitenciaria y fue edificado por los mismos prisioneros, la mayor parte de ellos del grupo indígena yaqui con las piedras extraídas del mismo erro. Hasta la fecha se conservan los calabozos y las crujías.

El museo cuenta con 18 salas en donde se exhiben una colección de piezas que se relacionan con: Paleontología, Arqueología, Etnografía e Historia. Se destacan: una serpiente en piedra teotihuacana; una armadura y monedas pertenecientes al siglo XVI; una colección de armas del siglo XIX; y la representación de la danza del Venado, caracterizada por un grupo indígena yaqui.

El museo además cuenta con un espacio para exposiciones temporales y una biblioteca.