Este museo cuenta con ocho salas de exposición.

A lo largo de estos espacios se habla del pasado geológico y arqueológico del asentamiento continuo más antiguo de este continente.

Hay salas donde se pueden ver artesanías tradicionales del estado como cerámica de Talavera, una colección de alebrijes y proyecciones de video mapping que habla de México como Patrimonio Mundial.

Este sitio tiene corredores que conectan con los túneles de la Gran Pirámide de Cholula.

Se ubica en un edificio que era el Hospital Psiquiátrico de Nuestra Señora de Guadalupe que data de la era porfiriana.