El edificio consta de tres niveles, mezzanine y planta baja y está considerado uno de los mejores museos del sureste del país.

El recorrido inicia en la Sala de la Prehistoria que ofrece un panorama de como empezó a poblarse el Continente Americano, hace aproximadamente 33 mil años a.C. También se exhibe un mapa de Mesoamérica en donde se muestran las culturas que poblaron el área y su evolución en las etapas: Preclásico, Clásico y Postclásico. En esta área también se muestran vasijas y figurillas relacionadas básicamente con su actividad religiosa.

Otra sección está dedicada a las culturas olmeca y maya; muestra vasijas, collares, orejeras, yugos, máscaras funerarias, monolitos y objetos con piedras. Además hay piezas representativas de toda Mesoamérica.

Cuenta con la sala de piezas monumentales, en donde se destaca la cabeza colosal en cuyo rostro se dibuja la sonrisa milenaria de un joven olmeca, un auditorio, la sala de exposiciones temporales videoteca y una biblioteca especializada en arqueología, con un acervo de más de 3,000 libros.

El museo también cuenta con un auditorio para 70 personas, biblioteca, hemeroteca, videoteca, fototeca y librería.