Ocupa el casco de la antigua Hacienda de La Noria, construcción que data del siglo XVI, una superficie de 32,000 m2.

Este lugar tiene una interesante historia, ya que en estos terrenos se afincó Apochquiyauhtzin, el último Rey Xochimilca. Su nieto y heredero Martín Cortés Zerón y Alvarado fue bautizado por el propio Cacique de Xochimilco, Pedro de Alvarado. En esta zona se le conoció como el “Indio Cacique o Señor de Muchas Tierras”. Fue uno de los principales y asiduos protectores de los indios de la zona.

La colección del museo consta de 139 trabajos del muralista y pintor Diego Rivera, 25 obras de Frida Kahlo y 43 creaciones de Angelina Beloff, así como una extensa y valiosa colección de más de 600 piezas prehispánicas procedentes de diversas culturas del país, muebles y objetos de la época virreinal y una singular colección de piezas de las artes populares que incluye cerámica, vidrio, judas, máscaras y lacas.

El Museo está rodeado por un espacio ecológico en el que se conservan más de 20 especies de árboles y plantas mexicanos, animales como pavos reales, gansos, patos, guajolotes y perros xoloitzcuintles.