La construcción del convento-hospital se inició en 1676 y se convirtió, en uno de los hospitales más ricos en la Nueva España. 

En 1820, las Cortes reunidas en Cádiz, decretaron la supresión de todas las órdenes hospitalarias y el edificio se dividió entre la Compañía Lancasteriana y el Colegio Militar. 

En lo que fue la iglesia del hospital, se encuentra la sede del Museo del Ejército que exhibe una colección de armas, uniformes y video cápsulas por periodos históricos.

Las diferentes secciones son: Las prácticas guerreras en el México prehispánico, El ejército virreinal, la independencia, las intervenciones extranjeras (1822-1867), el ejército porfirista, la revolución, la fuerza aérea, heráldica y el ejército moderno.

Existe un buen complemento audio-visual en cada una de las secciones.