El museo se aloja en lo que fuera el Templo y Ex Convento del Carmen.

Ambos fueron construidos entre 1615 y 1617 por la orden de los carmelitas descalzos que poseían un terreno que abarcaba desde Chimalistac hasta San Jacinto. En la zona había dos ríos, el Chico y el Magdalena, por lo que el paisaje estaba conformado con bellos huertos que atrajo a la aristocracia que construyó aquí sus casas de campo. 

Del sobrio conjunto destacan las cúpulas y la espadaña una de las cuales corresponde al crucero y las otras dos a las capillas laterales. 

El templo sigue abierto al culto público en él se conserva una bella imagen de la madre de la Virgen María, ya que en otro tiempo estuvo dedicado a Santa Ana. 

En los espacios del ex-convento se muestra de manera permanente la colección El silencio de los carmelitas, historia de un monasterio, integrada por pinturas de los siglos XVII y XVIII, esculturas y objetos litúrgicos.

Además, se puede visitar la casa novo-hispana, una casa noble de la época virreinal con todas sus habitaciones decoradas con objetos de esa época. 

Aquí se exhiben muebles de la época colonial y arte religioso de los maestros Cristóbal de Villalpando y Juan Correa.

Una de sus atracciones del museo es una cripta detalladamente decorada donde descansan las momias de algunas monjas y monjes del siglo XIX. 

El templo sigue abierto al culto público en él se conserva una bella imagen de la madre de la Virgen María, ya que en otro tiempo estuvo dedicado a Santa Ana.