Inicia actividades en 2012 y busca promover el conocimiento científico a través de experiencias interactivas y lúdicas.

El museo cuenta con talleres, audivisuales, prácticas y conferencias de divulgación y educación ambiental.

Dentro de las actividades del Museo de Ciencias destaca por su trascendencia el programa de paseos de avistamiento de ballenas en la Bahía de Todos Santos, conocido como ¨Ballenas en la Bahía¨.