Este museo cuenta con varias colecciones:

Una colección prehispánica, en donde se muestra un entierro relacionado con la cultura olmeca que se encontró en 2010 durante las excavaciones que se realizaron para la restauración de la casa. Este entierro data de la época Preclásica (1500 a.C. – 300 d.C) y se encontraron fragmentos de cerámica y restos óseos de cuando menos tres personas.

En 2009, también en la propiedad, se descubrieron en el piso del patio depósitos de fragmentos de cerámica y loza de uso común que los habitantes de la casa utilizaron a través de los siglos.

Adicionalmente, hay una colección que corresponde a la cultura mixteco-zapoteco de Oaxaca que fue donada por Jorge Roberto Ortíz-Dietz. Esta exhibición consta de cráneos humanos con una deformación intencional, caracoles trompeta gigantes, dinteles de piedra caliza y jambas, entre otros.

El museo también cuenta con un restaurante, un café, un club de jazz y una galería de arte indígena y arte contemporáneo.