Cuenta con seis salas de exhibición. Las salas están dispuestas alrededor de un patio central que concentra la información más relevante de los 54 sitios arqueológicos descubiertos en la región.

Dentro del museo hay figurillas de barro, instrumentos de obsidiana y algunas armas.

Además de las piezas prehispánicas hay también otros objetos interesantes como tazones de porcelana que fueron traídas por la Nao de China, repujados de plata del siglo XVIII, algunos otros objetos religiosos del siglo XIX y un proyector de cine de los años 30’s, entre muchos otras piezas.