Posiblemente fue el primer pueblo que se fundó en la etapa de las aldeas, y fue el más grande de esa época. Se cree que es la primera ciudad de piedra de Mesoamérica, ya que data de 1,500 AC. El Mogote fue uno de los centros urbanos más importantes en los Valles Centrales de Oaxaca antes de la fundación de Monte Albán.

Durante el apogeo de este centro, San José Mogote sirvió como la cabecera del Valle de Etla. También tenía su palacio, sus templos y su juego de pelota. Se abandonó alrededor del año 400 a.C.

En la zona arqueológica de San José el Mogote se encontró uno de los más antiguos usos del calendario de 260 días: el monumento 3, que muestra el nombre “Uno Temblor”. Además se encontraron vasijas con los nombres “uno tigre” y “dos J”.