Era utilizado por los misioneros encargados de la evangelización de la Sierra Gorda, ya sea para tratar sus enfermedades o para aprender las lenguas indígenas de la región.

Desde el lado poniente del atrio se pueden observar el templo y la Capilla de la Tercera Orden y al sur los portales que dan acceso al convento.

El convento consta de dos plantas con amplios pasillos y una sacristía en la parte baja. Como muchos otros edificios religiosos a partir de las Leyes de Reforma el fue saqueado y convertido en cuartel militar, hasta 1884 cuando se realizó una nueva consagración del templo.

La Capilla de la Tercera Orden está anexa a la iglesia, data de 1740 y tiene como patrona a Santa Rosa de Lima.

La fachada del templo es de estilo barroco muy austero y está realizada en cantera. Consta de dos cuerpos, el primero ostenta pilastras corintias y grandes basamentos con la puerta de acceso que es de arco de medio punto. El segundo muestra una escultura de Cristo en la cruz y sobre de ésta un frontón con una ventana coral al centro; en el resto del muro hay tres escudos de las órdenes de los mercenarios, franciscanos y dominicos.

La construcción de la iglesia es en forma de cruz latina y cuenta con una torre alta de tres cuerpos cuadrangulares.