Esta obra se le atribuye al padre Juan Manuel de Villegas y data de 1770. 

Tiene portada en cantera con influencias churriguerescas que consta de dos cuerpos. En el primero, el acceso es con arco de medio punto, en la cual resalta una bella puerta de mezquite con relieves tablereados y motivos geométricos en alto relieve. En el segunda se nota una ventana coral con una forma estilizada de trebol.

El antiguo hospital estuvo en función hasta 1957 y el cementerio hasta 1940.

En su interior, se destaca la imagen de San Rafael Arcángel, el patrono del templo.