El recinto se encuentra en una en la Plaza de San Francisco, uno de los lugares más típicos y fotografiables de San Miguel Allende. 

Fue construido por los franciscanos y tiene una fachada de estilo churriguresco catalogada como la más bella de la ciudad, tiene un trabajo de cantera único en donde se distinguen varios santos, comenzando con San Francisco en el ápice, así como San Juan, la Inmaculada Concepción, la Señora de los Dolores y un magnífico Cristo crucificado. 

Cuenta con una sola torre que es de estilo neoclásica, aunque también tiene alguna influencia morisca. Este trabajo es atribuido al famoso arquitecto celayense Eduardo Tresguerras.

Anexo a la iglesia se ubica el claustro conventual que data del siglo XVI, en el cual todavía se conservan algunas pinturas murales. En sus orígenes fue conocido como Convento de San Antonio.

En el interior se pueden admirar diversos estilos y varias obras pictóricas. Se destaca la Capilla de la Tercera Orden.