Ostenta un bello diseño barroco atribuido al arquitecto José de Bayas Delgado.

Como muchos otros conventos e iglesias sufrió graves daños durante la guerra de Reforma y además las cuatro campanas del templo fueron fundidas por el general Mariano Escobedo para convertirlas en cañones durante el sitio del Ejército Republicano contra Maximiliano de Habsburgo. Los problemas para el templo siguieron con el movimiento revolucionario y a principios del siglo XX fue saqueado.

Su fachada es de cantera rosa y en la parte superior se destaca una magnífica estatua de la Virgen de Guadalupe. Está flanqueada por dos torres de dos cuerpos, el primero es cuadrangular y el segundo circular.

El retablo mayor tiene una imagen de la Virgen de Guadalupe del famoso pintor oaxaqueño Miguel Cabrera que data de 1778.

En la sacristía se ha conservado un retablo de estilo barroco, un lienzo del siglo XVII y un Cristo de marfil.

El coro y el atrio tienen herrería de hierro forjado con un magnífico diseño y en el salón de juntas hay una colección de óleos de pintores de la época colonial.