En el área de Bahía de Banderas se han encontrado alrededor de 350 especies de aves, incluyendo las aves terrestres, acuáticas y las migratorias.

Algunos de los mejores lugares  para observarlas son: Altamira, las lagunas costeras, el Estuario El Salado, el Río Ameca y las diversas islas dentro de la bahía.

A una hora de Puerto Vallarta se localiza El Tuito, un lugar privilegiado para los que gustan de observar las aves en playas y selvas de belleza única.

Las Islas Marietas, declarada como área natural protegida, son consideradas Las Galápagos Mexicanas; son un paraíso de aves tales como la fragata magnífica, garcetas, garzas, gaviotas, pelícanos, pato bobo café y el mundialmente famoso el Bobo de patas azules.


También se puede explorar el bosque tropical y las montañas de la Sierra Madre que rodean Puerto Vallarta. Al llegar a más de 1000 msnm se pueden ver muy diversas aves totalmente diferentes a las que se pueden ver en la costa como: carpintero de corona gris, pavito pintado, bolsero de wagler, mosquero copetón, trogon citrino, tirano tropical, chara verde, urracas, guacamaya militar, periquito de frente anaranjada, carpintero pico plata y tecolotes, por mencionar algunos.