En la región se han podido identificar más de 258 especies de aves, entre ellas algunas endémicas.

Dentro de las especies endémicas se encuentran: gaviota de Cortés o gaviota pata amarilla, ostrero común americano, correlimos de rompientes y el ave de trópico de cola roja, entre otras.

Las mejores zonas para esta actividad son: el Estero Morúa y el de La Pinta, la Isla Pájaros y la Isla Jorge, donde además de ver una gran cantidad de aves se puede convivir con los cientos de lobos marinos que ahí habitan.

Otra buena opción es el Delta del Río Colorado, ubicado a dos horas y media de Puerto Peñasco. Éste es un lugar con humedales que son el hábitat de una gran variedad de aves.

El Pinacate y Gran Desierto de Altar, ubicado a dos horas de Puerto Peñasco. Este desierto está considerado el desierto con mayor biodiversidad del mundo, con características geológicas muy únicas. Dentro de la reserva habitan más de 200 especies de aves como el carpintero del desierto, el correcaminos norteño, tecolote bajeño, búho cornudo, tortolitas, gallineta, codorniz y gaviota, entre otras muchas.