En el área de Los Cabos se pueden identificar más de 195 especies diferentes de aves.

Entre los más representativos se encuentran: codorniz, paloma serrana, gorriones, jilgueros, cenzontle, paloma de ala blanca, cardenal, chuparrosa, pájaro carpintero, torcaza, golondrina, cuervo, calandria serrana y golondrina palmera, así como diversas aves marinas como: gaviotas, pelícano gris, tijereta, tildillo, zarapico y albatros.

Se han colocado torres para la observación de aves en puntos estratégicos dentro del humedal de la Reserva Ecológica del Estero de San José del Cabo, la cual esta clasificada como Área de Importancia para la Conservación de Aves (Important Bird Area) ya que aquí puedes observar más de 150 especies diferentes de aves.