En Costalegre han sido identificadas 270 especies, de las cuales 22 son endémicas.

Adicionalmente, en otoño e invierno esta franja de Jalisco es visitada por una gran cantidad de aves migratorias.

Algunas de las más conocidas son la Avoceta Americana, que vive generalmente en estuarios, lagunas y marismas y la Garza Tricolor, que anida en arbustos cerca del suelo y se reconoce por su cuello amarillento y pico azulado.

Las Islas Pajareras se ubican en la Bahía de Chamela y dentro del conjunto de islas se destaca Isla Cocinas con playas de suave arena. Esta isla es el hábitat del exótico pájaro bobo y de algunas otras aves marinas.