Se ubica en un edificio que data del siglo XVI.

Esta construcción fue ocupada por el hospital más importante de Valladolid y que después fue convertido en la Iglesia de San Roque.

A partir de 1985 fue convertido en museo y cuenta con cuatro salas.

La primera sala es que anteriormente fue la nave del templo y aquí se exhiben diversas piezas prehispánicas de la región, documentos y otras piezas históricas relacionadas con la fundación de la ciudad, la guerra de las castas y algunos otros hechos históricos importantes como el papel que jugaron los piratas, específicamente el famoso Lorencillos.

El espacio que fuera la sacristía corresponde a otra sala en donde se pueden encontrar artesanías y otras piezas relacionadas con las tradiciones y medicina maya.

En el parque anexo se llevan a cabo algunos eventos culturales.