El museo está ubicado al pie de la pirámide y su construcción es un enlace entre la herencia prehispánica y lo moderno.

Se divide en dos ámbitos, por un lado las salas de exhibición o área interna, y un área externa con una zona de recreo, Petroglifos, una cueva natural y unas escalinatas laterales que permiten ascender a la cima de la pirámide.

En la Sala principal se exhiben más de 500 piezas prehispánicas como malacates, puntas de proyectil, instrumentos de molienda, vasijas ceremoniales y de uso doméstico. En éste espacio también se pueden ver, grandes placas metálicas con la Leyenda de los Cinco Soles, que explican la forma en que se llevaba a cabo el conteo del tiempo en tiempos prehispánicos y la descripción de la Ceremonia del Fuego Nuevo. Asimismo, se pueden encontrar códices y mapas que datan de 1580.

Cuenta con áreas didácticas, biblioteca, guías, souvenirs, servicios para discapacitados, auditorio, sala de exposiciones temporales y áreas verdes.