Está alojado en un antiguo cuartel federal que fue construido por Abelardo L. Rodríguez en la década de 1920.

En 2004 fue restaurado y acondicionado como museo es un Patrimonio Cultural del Estado.

En el museo se exhiben varias piezas pertenecientes los pueblos nativos como los Kumiai, Pai pai y Cucapá, y se habla de sus leyendas, tradiciones y cultura. También cuenta con una colección fotográfica que narra la historia del inmueble.

La muestra del museo se divide en cuatro secciones: cerámica prehistórica, histórica, estudios arqueocerámicos y etnográficas y artísticas.