Se aloja en el antiguo Hospital de los Hipólitos.

El museo muestra un resumen histórico del nacimiento de la ciudad de Querétaro, desde un punto de vista religioso, incluyendo todas las acciones evangelizadoras de los antiguos conquistadores.

En sus cuatro salas se exhiben cuadros y esculturas de artistas tan afamados como Javier Trenado y José María Cabrera.