Se ubica en el Ex Convento de San Agustín, uno de los claustros barrocos más importantes de América que fue edificado entre 1731 y 1743.

El antiguo Convento fue restaurado en 1889, para albergar oficinas de la federación y desde 1988 es la sede del Museo de Arte de Querétaro.

Cuenta con 10 salas de exhibición, donde se muestran obras manieristas, barrocas, neoclásicas y modernas que abarcan el periodo que comprende los siglos XVIII y XIX.

El museo posee la primera colección de arte del siglo XX con 380 obras recibidas en donación, gracias a la generosidad de sus creadores, diversas instituciones públicas y privadas.

El museo ofrece visitas guiadas, talleres, conferencias y conciertos.