En el jardín se encuentra un 98 % especies vegetales de todas las zonas de Chiapas.

Se divida en varias secciones: áreas de árboles y arbustos de las selvas altas y medianas subperenifolias y subcaducifolias, árboles y arbustos de las selvas bajas caducifolias, suculentas y cactáceas, plantas medicinales, plantas de ornato, cícadas y orquideario.

El museo cuenta con exposición de maderas de Chiapas, incluyendo maderas fósiles.

Hay otra sección de plantas medicinales en donde se pueden observar una gran diversidad de plantas utilizadas para la medicina tradicional, así como otra sección de Flores de Chiapas en donde se pueden ver la gran variedad de las coloridas flores de este estado.