Fue fundada por el misionero jesuita Lambert Hostell en 1740.

Se estableció en el sitio en donde el misionero jesuita había establecido una Visita en 1721, en las cercanías de la Sierra Giganta, a sólo 28 km de la Misión de Nuestra Señora de los Dolores de Chillá.

El encargado de la construcción fue el misionero Juan Jacobo Baegert, quien llego a hacerse cargo de más de 500 nativos de diversas etnias.

En años recientes fue descubierta la imagen de San Luis Gonzaga en La Paz, que se hallaba pérdida desde 1914. En una solemne procesión la imagen fue regresada a la Misión. A este santo se le conoce como El Patrono de la Juventud.

En 1768 la misión fue abandonada y la población fue trasladada a la Misión de Todos Santos.

La Misión esta en buen estado y sigue siendo restaurada. No abre regularmente al culto, pero se celebran misas en ocasiones especiales, aún conserva su campana datada en el siglo XVIII.

Para acceder a la Misión es necesario hacer un recorrido de más de 50 km por camino de terracería.