Esta fue la misión que se estableció más al sur de la península durante la época colonial.

Se fundó en el sitio que los pericúes llamaban Añuití y que actualmente es parte de San José del Cabo.

La misión estaba dedicada a San José, fue financiada por el Marqués de Villapuente de la Peña y construida por el padre Nicolás Tamaral y el visitador José de Echeverría. Esta fue la cuarta misión de la península.

En un inicio la misión se construyó de adobe cerca de la playa para después adentrarse a ocho kilómetros de la costa.

En 1734 la Misión fue escenario de la Rebelión de los Pericúes, por lo que Tamaral fue asesinado y la misión destruida.

Entre 1735 y 1736, la sede fue trasladada cerca de la costa nuevamente, pero con la categoría de Visita de la misión de Añiñí, además anexo se levantó un presidio español. 

En 1753, la misión fue trasladada nuevamente tierra adentro y debido a la expulsión de los jesuitas y Añuití quedó en custodia de los dominicos.

En 1793 la construcción fue dañada por una inundación y fue reconstruida en 1799. En 1822 el barco de nacionalidad chilena “Independencia” atacó la plaza y de nuevo la misión sufrió serios daños hasta ser finalmente abandonada en 1840.

La actual iglesia fue construida en 1940, muy cerca del sitio original en que se levantó la vieja misión jesuita.

Sobresale en su fachada un cuadro de mosaicos colocado en la entrada principal, en el que se narra el asesinato del padre Tamaral por los pericués que habitaban la región. El edificio está rodeado de una agradable plaza estilo colonial.